Emmanuel is geboren op 4 oktober 2005 in het Erasmusziekenhuis in Anderlecht als zoon van koning Filip en koningin Mathilde. Hij heeft twee zussen, prinses Elisabeth (2001) en prinses Eléonore (2008), en een broer, prins Gabriël (2003).

Prins Emmanuel is gedoopt op 10 december 2005 in de kapel van het kasteel van Ciergnon, een buitenverblijf van de Belgische koninklijke familie. Zijn peetouders zijn: erfgroothertog Guillaume van Luxemburg en zijn tante Elisabeth; de zus van koningin Mathilde.

Emmanuel houdt van de natuur. Hij doet graag aan sport: fietsen, zwemmen, skiën en zeilen. Hij speelt tevens fluit.

Prins Emmanuel is derde in de lijn van troonopvolging.