Prinses Margarita is geboren op 13 oktober 1972 in het Radboudziekenhuis in Nijmegen als dochter van prinses Irene en Carlos Hugo van Bourbon-Parma (1930-2010). Margarita heeft een tweelingbroer prins Jaime (1972), een broer prins Carlos (1970) en een zus prinses Carolina (1974). De peetouders van Margarita zijn: prinses Beatrix en prins Sixtus de Bourbon de Parme.

Op 19 juni 2001 trouwt prinses Margarita met Edwin de Roy van Zuydewijn voor de burgerlijke stand in Amsterdam. Op 22 september 2001 vindt het kerkelijk huwelijk plaats in de kathedraal Sainte Marie in Auch. Margarita en Edwin de Roy van Zuydewijn zijn op 8 november 2006 gescheiden.

Op 19 februari 2008 verlooft Margarita zich opnieuw, dit keer met Tjalling ten Cate. Het paar trouwt op 3 mei 2008 op Landgoed Maarsbergen. Ze hebben twee kinderen: Julia (2008) en Paola (2011). In 2023 kondigde het paar aan te gaan scheiden.